Considérant l'étendue et la multiplicité des utilisateurs du site Natura 2000, la mobilisation et l'implication des acteurs locaux est déterminante pour l'atteinte les objectifs européens Natura 2000. Pour cela, Eaux & Vilaine organise régulièrement des rencontres, des groupes de travail, des réunions stratégiques et accompagne des initiatives locales. A titre d'exemple :
Le dialogue territorial
Le travail avec les acteurs locaux étant ancré dans la démarche Natura 2000 dès son émergence sur le territoire, Eaux & Vilaine anime régulièrement le Comité de pilotage et son Bureau, ainsi que des groupes de travail suivant les besoins d'avancement de projets qui visent l'atteinte des objectifs Natura 2000.
Des actions de sensibilisation
Eaux & Vilaine anime et coordonne différents événements qui visent à sensibiliser le public à la protection de la biodiversité et à faire évoluer des pratiques comme la Journée Mondiale des Zones Humides et le Concours général agricole "Prairies et Pratiques agro-écologiques".
L'accompagnement d'initiatives locales
L'EPTB Vilaine se rend disponible pour accompagner des élus locaux et associations ou particuliers pour porter des actions en faveur de la Biodiversité.