Pour atteindre les objectifs des Directives Oiseaux et Habitats-Faune-Flore, la France s'appuie sur la maîtrise d'une gouvernance locale par site (un Comité de Pilotage) et sur des engagements volontaires:
Le Comité de Pilotage
- La composition du Comité de Pilotage est défini par Arrêté préfectoral, il réunit principalement des représentants de services de l'Etat, des représentants d'usagers du site et des élus locaux
- Il définit les orientations et les mesures de gestion et de conservation des habitats et des espèces, les modalités de leur mise en œuvre et les dispositions financières d'accompagnement. Il propose un ensemble de mesures de gestion pouvant être contractualisées avec les partenaires impliqués.
- Sa présidence peut être confiée à un élu local. Un représentant de l'Etat gère la désignation.
Le Document d'Objectifs
- Le Document d'Objectifs est le document d'orientations ou plan de gestion établi par site "Natura 2000". Il fait l'objet d'une validation par arrêté préfectoral.
- Les mesures de gestion et de conservation définies tiennent compte des activités économiques, sociales et culturelles qui s'exercent sur le site, ainsi que des particularités régionales et locales.
L'Opérateur local
- L'Etat désigne un référent technique (Opérateur local) pour établir le Document d'Objectifs du site puis pour animer la démarche locale. Cet opérateur doit s'engager à réaliser sa mission dans une démarche de concertation avec les acteurs concernés par le site et anime le Comité de Pilotage.
- Une collectivité locale peut se porter candidate pour assurer la mission d'Opérateur local. Le cadre de ses missions est alors défini par une Convention annuelle d'élaboration, d'animation ou de révision du document d'objectifs suivant l'avancement de la démarche locale.
Des outils contractuels pour la mise en oeuvre du Document d'Objectifs
L'animation du site se fait selon une démarche volontaire et contractuelle : l'opérateur local fait la promotion de différents outils contractuels comme la Charte Natura 2000, le Contrat Natura 2000 ou tout autre engagement permettant d'atteindre les objectifs visés sur le site.
Une démarche préventive règlementaire complémentaire
Les résultats d'engagements contractuels n'étant pas suffisants pour enrayer la perte de la biodiversité, l'Etat français a instauré depuis 2010 une procédure règlementaire d'Evaluation des Incidences Natura 2000.
Sources : Commission européenne - baromètre Natura 2000 (décembre 2016) / ministère de l'Environnement et Muséum national d'histoire naturelle (juillet 2018).